Poplatky, ktoré sú vyžadované na národnej, regionálnej a miestnej úrovni pri rôznych činnostiach, neprimerane zaťažujú MSP. Systém poplatkov je na Slovensku stále značne neprehľadný, poplatky sú vymedzené veľkým počtom právnych predpisov, ktoré sa naviac vyznačujú nestálosťou, čo dokázala aj analýza zrealizovaná Slovak Business Agency. Pravdepodobne si to uvedomuje aj vláda SR, ktorá uviedla v Programovom vyhlásení na obdobie rokov 2020-2024, že sa zaväzuje uskutočniť komplexný audit poplatkového zaťaženia podnikania, ako aj „prehodnotiť systém poplatkov tak, aby boli poplatky primerané, zmysluplné a vyberali sa len v odôvodnených prípadoch“. Niekoľko málo krokov už urobila, napríklad zavedenie princípu one-in one-out (v roku 2021), ktorý by mal zaistiť, aby úrady pri prijatí novej regulácie v rovnakej oblasti zároveň znížili regulačné zaťaženie. Reálny prínos väčšiny opatrení bude však viditeľný a merateľný až na základe ex-post hodnotenia opatrení po uplynutí implementačnej lehoty. Pozitívny príklad je možné nájsť tiež v oblasti znižovania výšky poplatkov. S účinnosťou od 1.10.2020 boli upravené sadzby súdneho poplatku vo veciach obchodného registra stanovené v sadzobníku súdnych poplatkov (v rámci zákona č. 71/1992 Zb. o súdnych poplatkoch) na polovicu tak, že zodpovedajú poplatkom, ktoré sa uhrádzajú za návrhy do obchodného registra podávané elektronickými prostriedkami. Avšak aj napriek týmto skutočnostiam aj naďalej pretrvávajú bariéry a obmedzenia, ktoré zabraňujú vybudovaniu efektívneho systému poplatkov v SR a neumožňujú elimináciu neprimeraného poplatkového zaťaženia podnikateľov.
Problém, na ktorý poukázala aj predmetná analýza, je absencia komplexnejších údajov na jednom mieste a nesúrodosť vykazovaných informácií poplatkového systému na rôznych úrovniach verejnej správy a samosprávy.
Naďalej však pretrváva neprehľadnosť, nestálosť a nedostatočná transparentnosť samotného systému poplatkov a tiež výška poplatkov. Poplatky sú aj naďalej vymedzené veľkým počtom právnych predpisov a noriem, ktoré naviac podliehajú veľmi častým zmenám a novelizáciám. Podnikatelia musia vynaložiť veľké úsilie spojené so sledovaním zmien povinností vyplývajúcich z právnych predpisov, nariadení a vyhlášok. Naviac výklad právnych predpisov nie je pre podnikateľov často zrozumiteľný. To sa dotýka najmä mikro a malých podnikateľov, ktorí nemajú na sledovanie legislatívnych povinností dostatočné kapacity. Podnikatelia tak musia čeliť legislatívnej neistote.
Predpokladom a prvým krokom pre sprehľadnenie systému poplatkov a zníženie poplatkového zaťaženia MSP by malo byť pravidelné vykonávanie auditov poplatkového zaťaženia naprieč verejnou správou (podľa dotknutých oblastí a rezortov), ako aj na úrovni jednotlivých samospráv. Audit by mal zhodnotiť nevyhnutnosť a mieru zaťaženia úkonov orgánov verejnej správy a samosprávy poplatkami.
