Súdny systém je zo strany podnikateľských združení a asociácií dlhodobo identifikovaný ako jeden z problémových a kľúčových faktorov ovplyvňujúcich kvalitu podnikateľského prostredia.
Z porovnania výkonnosti súdneho systému SR s okolitými štátmi vyplynulo, že súdny systém čelí v prvej inštancii na európske pomery pomerne značnému nápadu nových prípadov na 100 obyvateľov (porovnateľne s Českou republikou, viac ako v Maďarsku, ale menej ako Poľsku). Príčiny tohto stavu môžu byť viaceré a komplexné (nejasnosť a komplikovanosť právneho rámca, časté a málo predvídateľné zmeny legislatívy, nedostatočné možnosti využívania metód alternatívneho riešenia sporov, nedostatočné preverovanie zmluvných a iných partnerov medzi podnikateľmi, nižšia miera rešpektu subjektov práva k zákonu atď.) Na vyriešenie prípadu v prvej inštancii potrebuje súdny systém porovnateľné množstvo času ako v Českej republike, ale viac ak v Maďarsku a Poľsku. Podľa štatistických dát dochádza k zlepšeniu miery vyriešenia prípadov, t. j. postupne sa darí odbúravať záťaž starších prípadov V európskom porovnaní sa nedostatočne využívajú metódy alternatívneho riešenia sporov (mediácia, rozhodcovské súdy atď.). Okrem iného to má za následok vyšší počet prípadov, ktoré končia pred štátnymi súdmi čím ich zaťažujú viac ako je európsky priemer. V oblasti alternatívneho riešenia sporov SR zaostáva za Maďarskom a Poľskom, situácia je porovnateľná s Českou republikou. V elektronizácií súdnictva bol zaznamenaný pokrok (najmä v oblasti podávania návrhov), existuje však potenciál ďalšieho a lepšieho využitia elektronických prostriedkov.
Celkové výdavky verejnej správy na súdy sú v európskom porovnaní relatívne nízke a mierne nižšie ako v okolitých štátoch V4. Tento fakt je spôsobený tým, že v prípade súdnictva je veľká časť výdavkov určená na mzdy súdneho personálu (čo zodpovedá celkovej nižšej mzdovej úrovni v ekonomike SR). Pretrvávajúcim problémom je nízke mzdové ohodnotenie súdnych úradníkov a vyšších súdnych úradníkov. Počet sudcov na 100 000 obyvateľov je mierne nad európskym priemerom, hoci je mierne nižší ako v ostatných štátoch V4. V porovnaní s štátmi západnej Európy vykazujú stredoeurópske štáty relatívne vysoké počty sudcov. Monitorovanie a hodnotenie činnosti súdov je v európskom porovnaní na veľmi dobrej úrovni. Verejnosti sú v dostatočnej miere dostupné údaje a štatistiky o činnosti súdov. Relatívne slabo sa využívajú resp. aplikujú možnosti normovania práce súdov resp. sudcov. Za hlavné príčiny nižšej výkonnosti súdneho systému považujeme rezervy vo vnútornej organizácií práce súdov a minimálnu osobnú zodpovednosť za nedostatočný pracovný výkon.
Všeobecne možno konštatovať, že slovenský súdny systém vykazujú porovnateľnú ak nie vyššiu mieru špecializácie ako súdne systémy okolitých štátov – viaceré špecifické agendy sú zverený jednotlivým okresným súdom v sídle kraja. Problémom SR je však nedostatočná miera špecializácie sudcov na jednotlivých súdoch. Špecifickým problémom je existencia viacerých súdov s nízkym počtom sudcov, pričom viaceré súdy majú veľmi malé súdne obvody a pracuje na nich menej ako 10 sudcov. Z týchto dôvodov navrhujeme znížiť počet Okresných súdov, tak aby sa skoncentrovali a následne lepšie využili personálne, finančné a materiálne zdroje, čím sa nepriamo podporí aj špecializácia sudcov na personálne posilnených súdoch. Prístup k spravodlivosti je stále viac – a určite bude v nasledujúcej dekáde – zabezpečovaný elektronicky, prinajmenšom v hlavných kategóriách s „veľkým počtom opakujúcich sa prípadov“. To znamená, že samotná zemepisná poloha súdov bude mať čoraz menšiu prioritu.
V oblasti elektronického platobného rozkazu možno slovenskú právnu úpravu z pohľadu kľúčových parametrov pre podnikateľa (administratívna náročnosť, dĺžka konania, výška súdnych poplatkov) považovať za relatívne regionálne konkurencieschopnú – najmä v prípade upomínacieho konania, ktoré oproti bežnému platobnému rozkazu vykazuje značné výhody.
V oblasti elektronického platobného rozkazu na základe výsledkov analýzy SBA je na zváženie po konzultáciách všetkých zainteresovaných strán (Ministerstvo spravodlivosti, Notárska komora, súdy) zavedenie obdoby maďarského modelu, v ktorom vydávajú platobné rozkazy notári. Tento model umožňuje odkloniť značnú časť agendy mimo súdneho systému a tak znížiť celkové zaťaženie súdov a tak uvoľniť kapacity, ktoré by bolo možné uplatniť inde v súdnom systéme. Na druhej strane by sa jednalo o zásadný odklon od súčasného modelu, k čomu by sa museli vytvoriť legislatívne predpoklady a zrejme aj určité vstupné investície. Do úvahy by prichádzal aj hybridný model, v ktorom by mali právomoc vydať platobný rozkaz ako notári tak aj súdy a bolo by na voľbe veriteľa, prostredníctvom ktorej inštitúcie si chce uplatňovať svoje nároky. Z hľadiska rýchlosti konania sú tiež inšpiratívne prvky maďarskej úpravy, ktorá stanovuje veľmi krátku lehotu na vydanie platobného rozkazu, ak je návrh podaný v elektronickej forme (len 3 dni). Zaujímavá je tiež úprava automatického vydávania platobného rozkazu, v prípade ak notár lehotu na jeho vydanie nedodrží. Takýto model by sme považovali za akceptovateľný minimálne v prípadoch ak platobný rozkaz smeruje voči právnickej osobe. Je na zvážení tiež, posilniť kapacity Okresného súdu Banská Bystrica, tak aby sa dokázal v zákonnej lehote vysporiadať s nápadom cca. 70 000 vecí ročne v rámci upomínacieho konania (počet vecí za rok 2019).
Jedným z praktických problémov, ktorým podnikatelia čelia v kontakte so súdmi je nejednotnosť a rôznorodosť súdnych rozhodnutí v typovo podobnej veci. Z hľadiska právnej istoty a predvídateľnosti právneho a podnikateľského prostredia ide síce o jav neželaný, na druhej strane za istých podmienok je odklon od ustálenej rozhodovacej praxe nielen žiaduci ale aj nevyhnutný. Požiadavka právnej istoty sa preto automaticky nerovná právu na absolútne jednotnú judikatúru, nakoľko v takom prípade by nebolo možné reagovať na nový spoločenský vývoj. V každom zo štátov V4 je vytvorený mechanizmus zjednocovania súdnych rozhodnutí. Táto činnosť je z podstaty fungovania súdneho systému zverená najvyšším súdnym orgánom a to konkrétne najvyšším a ústavným súdom. Z dôvodu štruktúry súdneho systému (popísané v kapitole Špecializácia súdnictva) sa SR od ostatných štátov V4 odlišuje v tom, že Najvyšší súd vykonáva aj činnosť súdu druhého stupňa. V porovnaní s najvyššími súdmi ostatných štátov V4, pri ktorých možno označiť zjednocovanie judikatúry za ich hlavnú funkciu je táto jeho funkcia v prípade SR menej výrazná.